如果 Messaging Security Agent 無法順利清除檔案，會將檔案標示為「無法清除」，並針對無法清除的檔案執行使用者設定的處理行動。預設的中毒處理行動是刪除整封郵件。Messaging Security Agent 會在記錄檔中記錄所有的病毒事件和相關的處理行動過程。
下列是 Messaging Security Agent 為何無法執行清除處理行動的一些常見原因：
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檔案含有特洛伊木馬程式、蠕蟲或其他惡意程式碼。為了停止執行檔執行，Messaging Security Agent 必須完全移除它。
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Messaging Security Agent 不支援所有的壓縮格式。掃瞄引擎只能清除使用 pkzip 壓縮的檔案，而且只能清除位於壓縮之第一層的中毒檔案。
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發生未預期的問題造成 Messaging Security Agent 無法清除，例如：
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暫存目錄（待清除檔案的儲存區）已滿
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檔案被鎖定或正在執行。
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檔案損毀。
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檔案受密碼保護。
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