當 Messaging Security Agent 在電子郵件中偵測到安全威脅、垃圾郵件、限制的附件和（或）限制的內容，代理程式即會將該郵件移至隔離資料夾。此處理程序可做為刪除郵件/附件的替代項目，並防止使用者開啟中毒的郵件和散播安全威脅。
Message Security Agent 上的預設隔離資料夾為：
<Messaging Security Agent 安裝資料夾>\storage\quarantine
為了進一步增強安全，會將隔離檔案加密。如果要開啟加密的檔案，可使用 Restore Encrypted Virus and Spyware (VSEncode.exe) 工具。請參閱還原加密檔案。
系統管理員可以查詢隔離資料庫，取得有關被隔離的郵件的資訊。
使用「隔離」：
減少重要郵件遭到永久刪除的機會（遭到嚴格的過濾程式誤判時）
檢視觸發內容過濾的郵件以判斷違反策略的嚴重性
保留員工可能不當使用公司郵件系統的證據
註:
請勿將「隔離資料夾」與終端使用者的「垃圾郵件資料夾」混為一談。隔離資料夾是一種檔案式的資料夾。每當 Messaging Security Agent 隔離電子郵件時，會將隔離的郵件傳送到隔離資料夾。使用者的垃圾郵件資料夾位於每位使用者信箱的「資訊儲存區」中。終端使用者的垃圾郵件資料夾只接受由垃圾郵件防護隔離至使用者垃圾郵件資料夾所產生的電子郵件，並不會隔離因內容過濾、防毒/間諜程式防護或附件封鎖策略而產生的處理行動。