安裝期間，Messaging Security Agent 會新增資料夾 Spam Mail 至每個終端使用者的伺服器端信箱。當垃圾郵件送達時，系統會根據 Messaging Security Agent 預先定義的垃圾郵件過濾規則，將這些郵件隔離到此資料夾中。終端使用者可以檢視此垃圾郵件資料夾，以開啟、讀取或刪除可疑的電子郵件。請參閱設定垃圾郵件維護。
另外，管理員可以在 Microsoft Exchange 上建立垃圾郵件資料夾。系統管理員建立信箱帳號時，不會立即在 Microsoft Exchange Server 中建立信箱項目，而是會在下列情形下建立：
終端使用者第一次登入他的信箱時
第一封電子郵件送達該信箱時
系統管理員必須先建立信箱項目，EUQ 才能建立垃圾郵件資料夾。
用戶端的垃圾郵件資料夾
終端使用者可以開啟隔離到垃圾郵件資料夾的電子郵件。當他們開啟其中一封郵件時，在實際的電子郵件中會出現兩個按鈕：「核可的寄件人」和「檢視核可的寄件人清單」。
終端使用者開啟「垃圾郵件」資料夾中的電子郵件，並按一下「核可的寄件人」後，該電子郵件的寄件人信箱會新增至終端使用者的「核可的寄件人」清單。
按一下「檢視核可的寄件人清單」會開啟另一個畫面，終端使用者可以在這個畫面中，依電子郵件信箱或網域來檢視和修改自己的核可的寄件人清單。
核可的寄件人
終端使用者在「垃圾郵件」資料夾中收到電子郵件，並按一下核可的寄件人後，Messaging Security Agent 會將郵件移到終端使用者的本機收件匣，並將寄件人的信箱加入終端使用者的個人「核可的寄件人清單」。Messaging Security Agent 會記錄事件。
Microsoft Exchange Server 收到終端使用者之「核可的寄件人」清單中的信箱寄來的郵件時，不論郵件的標頭或內容為何，它都會將郵件遞送至終端使用者的收件匣。
Messaging Security Agent 也會提供管理員「核可的寄件人清單」和「封鎖的寄件人清單」。Messaging Security Agent 會先套用系統管理員的核可的寄件人和封鎖的寄件人，再考慮終端使用者的清單。
終端使用者垃圾郵件隔離內部管理功能
Messaging Security Agent 的管家功能預設每隔 24 小時於上午 2:30 執行下列工作：
自動刪除到期的垃圾郵件
如果垃圾郵件資料夾已刪除則重新建立
對新建立的郵件帳號建立垃圾郵件資料夾
維護電子郵件規則
管家功能是 Messaging Security Agent 的整合部分，不需要設定。