Skanowanie ręczne to skanowanie na żądanie.
Skanowanie ręczne programów Security Agent eliminuje zagrożenia z plików i usuwa ewentualne stare infekcje, aby zminimalizować ryzyko ponownego zarażenia.
Podczas skanowania ręcznego programów Messaging Security Agent (tylko w wersji Advanced) skanowane są wszystkie pliki w magazynie informacji serwera Microsoft Exchange.
Czas trwania skanowania zależy od zasobów sprzętowych komputera klienckiego i liczby plików do przeskanowania. Trwające skanowanie ręczne może zostać zatrzymane przez administratora programu Security Server (jeśli zostało uruchomione zdalnie z konsoli internetowej) lub przez użytkownika (jeśli zostało uruchomione bezpośrednio na kliencie).
Firma Trend Micro zaleca uruchomienie skanowania ręcznego po wystąpieniu epidemii zagrożeń.