Agenty Security Agent stale monitorują klienty pod kątem nietypowych modyfikacji systemu operacyjnego lub zainstalowanego oprogramowania. Administratorzy (lub użytkownicy) mogą tworzyć listy wyjątków umożliwiające działanie niektórych programów z naruszeniem monitorowanej zmiany, bądź całkowicie zablokować określone programy. Ponadto zawsze jest możliwe uruchomienie programów z prawidłowymi podpisami cyfrowymi.
Inną opcją funkcji Monitorowanie zachowania jest ochrona plików EXE i DLL przed usunięciem lub modyfikacją. Po włączeniu funkcji Monitorowanie zachowania użytkownicy mogą tworzyć wyjątki umożliwiające zatwierdzanie lub blokowanie określonych programów. Ponadto użytkownicy mogą wybrać wspólną ochronę wszystkich programów Intuit QuickBooks.