これは、CloudFormationスタックを組織にデプロイする際のAWSの制限です。ヘルプトピックDeploymentTargets - AWS CloudFormationによると:
StackSetsは、組織管理アカウントが組織内または組織内のOUにあっても、組織管理アカウントにスタックインスタンスをデプロイしません。
CloudFormation を使用して AWS アカウントを追加の手順に従って、管理アカウントを個別に追加することができます。
StackSetsは、組織管理アカウントが組織内または組織内のOUにあっても、組織管理アカウントにスタックインスタンスをデプロイしません。