I Security Agent controllano costantemente i client alla ricerca di modifiche insolite al sistema operativo o al software installato. Gli amministratori (o gli utenti) possono creare degli elenchi di eccezioni per consentire a determinati programmi di funzionare pur effettuando una modifica monitorata o per bloccare completamente determinati programmi. Inoltre, è sempre consentito l'avvio dei programmi con una firma digitale valida.
Un'altra funzione di Monitoraggio del comportamento consiste nel proteggere i file EXE e DLL da eventuale eliminazione o modifica. Quando Monitoraggio del comportamento è abilitato, gli utenti possono creare eccezioni per approvare o bloccare programmi specifici. Inoltre, gli utenti possono decidere di proteggere in modo unitario tutti i programmi Intuit QuickBooks.