Der Benutzerzugriff von Endpoint Encryption entspricht dem Benutzerzugriff von Control Manager. Administratoren können festlegen, auf welche Teile der Webkonsole von Endpoint Encryption der Benutzer Zugriff hat (Power-User, Bediener oder Administrator).

Alle Benutzerkonten, die in Control Manager erstellt wurden, haben Administratorzugriff auf alle verwalteten Produkte, auf die der Benutzer Zugriff hat. Daraus ergibt sich ein Problem, wenn ein Administrator den Benutzerzugriff auf dem Endpoint Encryption System auf "Power User" reduzieren will, während der Zugriff auf Control Manager zugelassen wird.